瘋狂的收藏家吉爾露太為了引出傳說中的海之神洛奇亞，捕捉了亞西亞島的火焰鳥，導致世界各地開始出現天災地變的異象。這時正好小智一行人來到亞西亞島，遇到個性有點叛逆的小巫女芙蘆拉，並在當地慶典活動中被推舉扮演傳說中的控制者。控制者必須到神鳥的三座島嶼中取得三種寶藏，在取寶藏的過程中，小智不止目賭神鳥被吉爾露太抓走，自己也遭到池魚之殃，一伙人都被帶進吉爾露太的空中要塞中。
瘋狂收藏家吉爾露太為了個人私慾不顧世界的存亡固然令人氣憤，可是事實已經造成，神鳥被小智釋放出去後，果然不顧一切的展開瘋狂攻擊來洩恨。眼看著世界末日的預言真的要實現時，傳說中的海之神洛奇亞現身了。他帶領小智同心協力對抗憤怒的神鳥。歷經數度的絕望與堅持不懈之後，洛奇亞與小智終於平習眾神之怒，為世界帶來和平。