立志成為出色的神奇寶貝訓練師的小智、小遙和小勝，帶著皮卡丘展開了新的旅程。為了觀看千年彗星出現的剎那，來到恩斯遊樂場，並認識魔術師巴特勒與黛安。在魔術表演中，小勝聽到一陣細微的呼喚聲…
  那是在「沉眠之繭」中沉睡了千年，可幫助人類達成願望的神奇寶貝─基拉祈。在千年彗星出現的夜晚，如果遇到擁有純真心靈的夥伴便會甦醒。為了讓基拉祈醒來，巴特勒請小勝當基拉祈的夥伴，果然，基拉祈從萬花鏡般的光芒中甦醒過來。

  雖然基拉祈只能停留短暫的七日就會再消失，但是頭一次擁有屬於自己的神奇寶貝的小勝，對基拉祈卻非常寵愛。充滿野心的魔術師巴特勒，因為知道基拉祈具有神奇的力量，便把基拉祈給搶走，並且想利用他來完成願望。
  不懷好意的巴特勒，他的願望是什麼呢？小智與小勝要如何克服困難，成功救出同伴呢？小勝與基拉祈又會面臨怎樣的生離死別呢？

《跳舞秘密基地》

聽說阪木老大要來視察剛完成的基地，負責看家的喵喵為了讓老大開心，就用魔扭扭棒強迫咕扭扭練習跳舞。皮卡丘和其他神奇寶貝覺得被關在籠子裡的咕扭扭很可憐，想把他們救出來。結果... 喵喵不小心摔了一跤，不小心啟動了魔力扭扭棒，基地內的所有神奇寶貝都不由自主地跳起舞來.....